文久三年 京都。ある日、町人を脅す不逞浪士の前に美しい剣士が立ちはだかる。その剣士こそ、法神流の使い手で男装の女剣士・中澤琴（黒木メイサ）だった。琴は、兄 貞祇（筒井道隆）と、上洛する将軍家茂警護のための浪士組に加わっていた。いさかいが起き、まさに琴が抜刀しようとした矢先、一発の銃声が止める。琴の腕前を見抜いた坂本龍馬（加藤雅也）だった。そして、剣の道を志す琴にある言葉をかけたのだった･･･。江戸に戻った琴や貞祇ら浪士組は、＜新徴組＞となり江戸市中警護の任につく。時を同じくし、琴は密通していた夜鷹・儚（青山倫子）を追跡、その先にいた首謀者・相馬要蔵（袴田吉彦）と刀を合わせ・・・。